甲胎蛋白高于400μg/l时，应怀疑存在肝癌。
甲胎蛋白是临床广泛应用的一种诊断肝癌的肿瘤标记物。因为甲胎蛋白在成年人血清中含量很低，一般低于20μg/l。当肝细胞发生癌变时，癌变的肿瘤细胞开始大量分泌甲胎蛋白。良性肝脏疾病，如肝炎、肝硬化患者血清中afp也升高，但95％的患者小于200μg/l。甲胎蛋白在高于200μg/l时，就存在患有肿瘤性疾病的可能。如甲胎蛋白超过500μg/l，且谷丙转氨酶（alt）基本正常时，患有肝癌的可能性极大。少数情况下，甲胎蛋白升高也见于生理性原因。女性妊娠阶段，13周左右时甲胎蛋白会明显升高，妊娠6个月之后可达500μg/l，产后20天内降至正常人水平。
甲胎蛋白含量一般作为肝癌诊断的补充，建议患者行影像学检查或肝脏穿刺进行诊断。有20%左右的肝癌患者，甲胎蛋白为阴性，因此不能把甲胎蛋白作为肝癌的绝对诊断指标。
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